Las comunidades que habitan cada tramo del río dependen, en parte, de las características físicas del medio.
En los tramos altos, como se ha visto, la fuente de materia y energía más importante es la proporcionada por las hojas y ramas que llegan de los vecinos ecosistemas terrestres . Este material grueso favorece la vida de una serie de organismos especializados en desmenuzar estos materiales, los trituradores. Un ejemplo característico de este grupo lo constituyen las larvas de un grupo de insectos, los tricópteros, que son fácilmente reconocibles porque rodean su cuerpo de materiales del lecho del río, como ramitas o piedras diminutas, formando una especie de caseta cilíndrica.
Parte del material desmenuzado por estos insectos, se deposita en el fondo del río, en las zonas tranquilas de lo márgenes, donde es aprovechado por otros organismos, los recolectores, entre los que se encuentran los ostrácodos, unos crustáceos diminutos, y larvas de insectos plecópteros.
Aguas abajo, con el aumento del caudal y la actividad de los trituradores aguas arriba, la materia orgánica, formada por partículas de pequeño tamaño, se encuentra en suspensión, y es aprovechada por otro grupo de organismos, los filtradores, que se han especializado, en filtrar el agua mediante modificaciones de sus mandíbulas, como en el caso de algunos efemerópteros, o fabricando diminutas redes con secreciones sedosas como hacen algunos tricópteros.
En aquellos tramos del río en los que penetra la luz, pueden desarrollarse comunidades de organismos fotosintetizadores . La composición de estas comunidades depende de la concentración de nutrientes , de la velocidad de la corriente y del tipo de substrato. Sobre las piedras y en substratos rocosos se desarrolla una comunidad denominada litofiton, constituida por pequeños organismos (diatomeas y otras algas, pero también bacterias) que se rodean de un material gelatinoso que los mantiene cohesionados y evita que sean arrastrados por la corriente. Un grupo de animales, los raspadores, se han especializado en usar el litofiton como alimento.
En los tramos medios, con menor corriente y substrato de limo o grava, crecen varias fanerógamas acuáticas como Ranunculus o Potamogeton, que tienen tallos flexibles y hojas estrechas y alargadas.
Por último en las aguas abiertas y plácidas de los tramos bajos de los ríos más caudalosos se desarrollan comunidades típicamente planctónicas.
Las redes tróficas se completan con la presencia de depredadores que pueden tener un papel muy importante en el control de la estructura trófica del río y de la biomasa y producción de niveles tróficos inferiores. Se encuentran entre ellos varias especies de insectos y peces como las truchas. El lucio es el más importante piscívoro de nuestros ríos. Las comunidades de peces también reflejan las diferencias de corriente, substrato y fuentes de alimento que caracteriza la estructura del río.
Otros depredadores viven en los ecosistemas terrestres, pero se alimentan en el río, como hacen muchas aves como el martín pescador o el mirlo acuático.
Entre los mamíferos, el más destacable es la nutria, que exige aguas limpias y comunidades bien constituidas, por lo que hoy en día está restringida a los tramos altos, menos perturbados, de los ríos.
