Por último, la composición química del agua también es modificada a su paso por los ecosistemas terrestres, lo cual tiene una especial relevancia en el caso de los nutrientes . Un ecosistema forestal no perturbado es muy eficiente en el uso de los nutrientes ( nitrógeno , fósforo , etc). Esto quiere decir, que la mayoría de ellos se reciclan en el interior del ecosistema y la exportación (la pérdida) hacia los ecosistemas acuáticos, es muy pequeña. Si los ecosistemas de la cuenca son perturbados (talas, incendios, agricultura), la erosión y la pérdida de nutrientes ganan en importancia, y los ecosistemas fluviales se resienten: se hacen más turbios y sus comunidades se simplifican.
