Los tramos altos del río, se caracterizan, en primer lugar, por situarse en zonas de elevada pendiente, por lo que sus aguas pueden tener una fuerte corriente. La velocidad del agua toma valores entre 50 y 200 cm/s. Su poder erosivo es muy importante, y el lecho del río es un reflejo de ello: rocas desnudas y guijarros. Alternan con estos tramos rápidos, otros donde el río discurre más plácidamente, con lo que en el lecho se acumulan materiales más finos.
La gran variabilidad del substrato y la corriente crea en los tramos altos de los ríos un fantástico mosaico de ambientes que son habitados por comunidades de organismos diferentes. Tienen en común todos estos ambientes un agua fría, poco mineralizada y pobre en nutrientes .
Los productores primarios característicos son los briófitos que se adhieren a las rocas. Frecuentemente, los márgenes del río están colonizados por vegetación de ribera.
Las hojas y ramas que caen sobre el río constituyen en muchos casos la fuente de nutrientes, materia y energía, más importante.
Si la vegetación de ribera es abundante y de porte elevado, sus ramas pueden llegar a cubrir enteramente la bóveda del río, limitando la entrada de luz y, en consecuencia, la producción primaria del río. De esta manera, los tramos altos de los ríos son sistemas heterotróficos, que dependen casi con exclusividad de las entradas de material particulado grueso del exterior. Esta situación varía estacionalmente, y durante un corto período, en primavera, cuando los árboles todavía no han sacado sus hojas, las condiciones de luz y temperatura en el río permiten un modesto desarrollo de algas.
En la parte media, a medida que se aleja de la cabecera, la pendiente es más suave. La velocidad del agua oscila entre 20 y 50 cm/s. Las aguas se hacen más cálidas, y el cauce y el caudal, mayores. Empiezan a aparecer, además de briófitos, fanerógamas en las aguas remansadas donde se acumulan limos.
En los tramos más bajos, el río entra en las llanuras aluviales y pierde gran parte de su poder erosivo. La pendiente se aproxima al 1% y la velocidad de la corriente suele ser inferior a 20 cm/s. La corriente puede ser lo bastante tranquila para permitir el desarrollo de comunidades planctónicas. La vegetación de ribera ya no cubre el río y la produción de algas y macrófitos cobra mayor protagonismo. También aumenta hacia la desembocadura la concentración de sales y nutrientes.
