Las aguas dulces o epicontinentales ocupan una posición especial dentro de los ecosistemas. Cuantitativamente, sus pobladores no contribuyen en mucho al balance total de materia y energía de la biosfera. Por unidad de superficie su producción primaria es más semejante a la de los sistemas continentales que a la de los oceánicos; los macrófitos son importantes y la profundidad del agua no suele ser muy grande.
Los sistemas epicontinentales actúan como medios de transporte del exceso de producción de los continentes al mar. La composición química de las aguas epicontinentales indica la salud de los ecosistemas terrestres drenados, de la misma manera que la composisición química de la orina delata la salud o falta de salud del cuerpo humano.
Los ríos son seguramente los sistemas más característicos de las aguas epicontinentales y sus pobladores habitan lo que es esencialmente un sistema de transporte. Los ríos se pueden comparar con los caminos, y los lagos con las ciudades, y no hay duda que los caminos son a menudo más antiguos e históricamente han sido más importantes que las ciudades. Las cuencas fluviales son las unidades naturales en el estudio de los ecosistemas, tanto de los acuáticos epicontinentales (incluidas las aguas freáticas), como de los ecosistemas terrestres.
En la vida de los ríos se encuentran ejemplos de muchas posibilidades de sobrevivir, manifiestas en valores diversos de la adaptación de las tasas de incremento biológico a las pérdidas, que son iguales al producto de la velocidad del agua por la probabilidad de que los organismos deriven y sean arratrados por la corriente.
Los lagos tienen una existencia limitada porque la cubeta, debido a los procesos de erosión y sedimentación, se va rellenando con el tiempo. Los sedimentos acumulados en el fondo, guardan el registro de la historia de la cuenca, que incluye la evolución y extinción de especies. Los lagos se pueden considerar como divertículos de la red fluvial.
Mientras que las aguas oceánicas tienen una composición relativamente uniforme, las aguas epicontinentales, de volumen pequeño y sometidas a influencias divergentes, muestran un amplio espectro en su composición química, que se refleja también en la distribución de especies y grupos de organismos. La composición de las aguas epicontinentales depende del grado de madurez de los suelos. Suelos profundos y bien formados, asociados con los bosques, generalmente cambian materiales con el agua de percolación que fluye a su través. El agua resultante es relativamente diluida y de composición uniforme sobre extensas áreas. Otras formas de vegetación natural más abiertas, en relación con sus suelos y su flora, tienden a liberar muchos materiales, sobre todo materia orgánica en diferentes grados de descomposición. Cuando interviene el hombre, talas o quemas de bosques, agricultura, ciudades, carreteras, etc, contribuyen a aumentar la concentración de materiales en el agua de escorrentía y a incrementar las diferencias cualitativas de composición química.
La flora y la fauna de las aguas dulces tienen sus peculiaridades. Las aguas epicontinentales, cubren un amplio espectro de ambientes, más amplio que el concepto de aguas oceánicas, porque los organismos epicontinentales pueblan las aguas intersticiales o subterráneas, las capas superiores del suelo, la superficie de las piedras, desde las fuentes a los desiertos, y hasta la superficie de organismos grandes como hojas de plantas. Existen organismos que pueblan medios de composición química extrema, como las salmueras y el agua que circula por las minas. La adaptación de los seres vivos a las aguas epicontinentales implica la capacidad de superar muchos problemas osmóticos y bioquímicos para poder invadir los ambientes más diversos.
