Los embalses reportan diversos beneficios, como los ya expuestos, además de otros como el papel sustitutorio de las lagunas costeras (cada vez más menguadas) en las rutas migradoras de las aves, y la incorporación de muchas sustancias en el sedimento, con lo que mejora la calidad del agua liberada por el embalse.
Sin embargo, los embalses presentan algunos problemas y efectos secundarios negativos que no se deben olvidar en el momento en que se realiza su proyecto y en su posterior gestión:
- Se anegan valles generalmente fértiles, dedicados a la agricultura.
- Causan problemas, a veces irresolubles a los peces migratorios.
- Las fluctuaciones del nivel de agua crean charcas en las que se desarrollan mosquitos y otros tipos de plagas.
- Su vida media, como resultado de la sedimentación de material procedente del río, es relativamente corta (60-70 años).
- El sedimento que retienen no llega a la zona de desembocadura, deltas y marismas, que entran así en regresión (Delta del Ebro).
Pero los problemas más usuales son la eutrofización y la contaminación. En los embalses eutróficos, gran parte de la producción de materia orgánica se deposita en el sedimento, donde las aguas se convierten en anóxicas y proliferan las bacterias reductoras cuyo metabolismo produce sustancias que atacan las construcciones de cemento y de hierro. Además, cuando esta agua anóxica es liberada origina problemas secundarios de contaminación río abajo.
