El ecosistema puede ser estudiado desde enfoques muy diferentes:
El enfoque clásico, desde un punto de vista analítico, considera al ecosistema como la suma de biótopo y biocenosis , estudiando ambos por separado. Este enfoque no es correcto porque el término biotopo sólo tiene sentido como medio físico ocupado por una población.
Un enfoque más moderno estudia los ecosistemas desde el punto de vista de la organización, considerando a los ecosistemas como el nivel de mayor complejidad de la Naturaleza. Trata por un lado la estructura, como conjunto de relaciones entre los componentes del ecosistema, y por otro lado la dinámica. Dentro de la estructura, los componentes del ecosistema son el conjunto de factores bióticos y abióticos . Esta estructura puede referirse al tiempo (temporal), al espacio (espacial), al alimento (trófica), etc. Se introduce el término flujo (más moderno que ciclo) y así se habla de flujo de energía (producción), de materia ( ciclos biogeoquímicos ) y de información (ritmos y sucesiones).
El enfoque más actual es considerar al ecosistema como sistema (teoría general de sistema). Aunque participa también de cierta visión analítica, el objetivo fundamental no es estudiar componentes, estructuras o partes sino las interacciones que existen entre ellas. Así, el ecosistema puede ser estudiado desde un punto de vista microscópico o macroscópico. Desde el primero de ellos, se definirían todas y cada una de las interacciones existentes, lo cual resulta virtualmente imposible salvo en aquellos ecosistemas en los que por su simplicidad, posean pocos componentes. Esto puede conseguirse en un sistema artificial de laboratorio (acuario, terrario, etc.) donde pueden controlarse las entradas y salidas de energía. La aproximación macroscópica se refiere al análisis de las interacciones más importantes, que proporcionen la mayor cantidad de información sobre la organización del ecosistema. Deberán ser propiedades compartidas por otros ecosistemas tales como biomasa , producción, diversidad, sucesión etc.
Un ecosistema es un sistema en parte abierto, porque intercambia materia y energía con el exterior, y en parte cerrado porque tiene sus propios sistemas de autorregulación independientes del exterior.
La ecología moderna participa de los dos últimos enfoques en el estudio de los ecosistemas. Partiendo de la base de considerarlos sistemas, estudia su estructura y dinámica, es decir, su organización.
Se define entonces el ecosistema como una entidad formada por seres vivos de diferentes especies que actúan e interactúan entre sí, en el seno de un ambiente físico que repercute en las acciones y reacciones de los organismos. Es el nivel más alto de complejidad de la naturaleza.
