Los organismos que habitan los ríos, han sido utilizados a menudo, especialmente en los últimos años, como indicadores de la calidad de las aguas. La respuesta de la biota del río puede ser considerada como una integración del efecto de esa calidad en el tiempo, en función del ciclo y duración de vida de los organismos, mientras que las medidas directas de las características físico-químicas aportan sólo información del instante en el momento de muestreo .
Además, como la mayor parte de la contaminación industrial y urbana es discontinua, el uso de organismos indicadores puede proporcionar una información muy valiosa, difícilmente obtenible por otros medios.
Se han utilizado muchísimo los macroinvertebrados y las plantas, lo mismo superiores como briófitos y algas, así como sus características pigmentarias a modo de indicadores de su estado fisiológico.
No se debe caer, sin embargo, en el extremo de ver en la utilización de los organismos indicadores un fin en sí mismo y exagerar su uso y su valor en los informes medioambientales.
